도시철도 건설로 인한 부산시의 재정적 어려움을 감안해 정부산하기관으로 부산교통공단을 설립하여 운영해왔으나, 1991년 이후 타 광역시에서 도시철도를 건설하면서 정부지원에 있어 부산시와의 형평성 문제가 계속 제기됨에 따라 정부는 부산시에 공단을 인수토록 추진하였다. 이에 따라 2006년 1월 1일 부산교통공사가 출범하였고, 이후 2008년 1월 10일 2호선 3단계 양산구간 8km개통, 2011년 3월 30일 4호선 미남~안평구간 개통으로 도시 균형발전에 획기적인 전기를 마련하였다.